Yayasan Pembina Universitas Jenderal Soedirman Dibentuk berdasar Akta Notaris No. 32 tertanggal 20  September 1961. Selanjutnya,  secara resmi  Unsoed berdiri  dengan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 195 tertanggal 23 September 1963, dan diresmikan  oleh  Menteri  Perguruan  Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP)  Prof. Dr. Tojib Hadiwidjaja di rumah Dinas Residen Banyumas

Perkembangan  selanjutnya  Pascasarjana  Unsoed, awalnya  bernama  Program Pascasarjana  didirikan  berdasarkan  surat  keputusan  Rektor  Nomor  100/J23/KP/2001 tentang OTK  Program  Pascasarjana  Unsoed. Pada  tahun 2001,  Program  Pascasarjana Unsoed  menyelenggarakan  6 (enam)  program  studi  S2. Program  studi  tersebut  adalah Ekonomi Manajemen berdasarkan SK Dikti Nomor 17/Dikti/Kep/2001 tentang Pembentukan Jurusan & Program Studi Ekonomi Manajemen, Ilmu Administrasi berdasarkan SK Dikti Nomor 112/Dikti/Kep/2001 tentang Pembentukan Program Studi Ilmu Administrasi, Ekonomi Pembangunan berdasarkan SK Dikti Nomor 2548/D/T/2001 tentang Izin Penyelenggaraan Program Ilmu Tanaman dan Sumberdaya Ternak. Pada tahun 2002, Program Pascasarjana Unsoed menambah 2 program studi S2 yaitu Program Studi Biologi berdasarkan SK Dikti Nomo   134/D/T/2002,   Program   Studi   Ilmu   Hukum   berdasarkan   SK   Dikti   Nomor

2091/D/T/2002.

Pada tahun 2007, Program Magister Manajemen Unsoed yang sudah berdiri sejak tahun 1996 berdasarkan surat keputusan Dirjen Dikti Nomor 205/Dikti/Kep/1996 bergabung ke dalam Program Pascasarjana Unsoed. Pada tahun 2008 Program Pascasarjana Unsoed menambah program studi S2 Akuntansi berdasarkan surat izin pendirian dari Dirjen Dikti Nomor 2950/G/C/2008 tanggal 4 September 2008. Pada tahun 2010, mengacu kepada SK Dirjen Dikti nomor 163/Dikti/Kep/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan  Tinggi, Program  Pascasarjana  Unsoed  menyelenggarakan  sembilan  Program Studi S2 sebagai  berikut. 1.  Program  Studi  S2 Manajemen 2. Program  Studi  S2 Ilmu Administrasi 3. Program Studi S2 Ilmu Ekonomi 4. Program Studi S2 Agronomi 5. Program Studi S2 Ilmu Lingkungan 6. Program Studi S2 Ilmu Peternakan 7. Program Studi S2 Biologi

8. Program Studi S2 Ilmu Hukum 9. Program Studi S2 Akuntasi

Sebelum tahun 2015 Pascasarjana   mengelola  seluruh   program   studi   level pascasarjana   di   Unsoed,   saat itu ada 11  program studi   pascasarjana.   Lahirnya 

Permendiknas  nomor  21  tahun  2014  tentang OTK Unsoed, mulai  tahun  akademik  2015 program  studi  magister  dan doktor  monodisiplin,  diserahkan  proses  pembelajarannya kepada Fakultas  yang sesuai, sedangkan  yang lintas  fakultas  atau multi  disiplin  tetap dikelola   oleh   Pascasarjana.   Sekarang,  Pascasarjana   Unsoed   melaksanakan   proses pembelajaran  empat program studi multidisiplin.  Pengelolaan dari mulai penerimaan mahasiswa  (input mahasiswa)  dan  pelepasan  (output mahasiswa)  mahasiswa  masih menjadi tugas Pascasarjana untuk keseluruhan, sekarang 23 program magister (S2) dan 7 program studi doktoral (S3) Unsoed. Usulan program studi baru level pascasarjana juga dikelola Pascasarjana.

Mulai tahun 2017 berdasarkan Permenristekdikti No 10/2016 Pasal 74, Pascasarjana mengelola  4  program  studi multidisiplin. Keempat  program  studi  (magister)  tersebut adalah (1) Ilmu lingkungan, (2) Penyululuhan Pertanian, (3) Bioteknologi Pertanian dan, (4) Agribisnis.

Pascasarjana Universitas Jenderal  Soedirman  (Unsoed) adalah  unsur  pelaksana akademik setara dengan fakultas yang memiliki tugas melaksanakan pendidikan program magister   dan/atau  doktor   bidang   ilmu  multidisiplin   yang  berada   di   bawah   dan bertanggung-jawab kepada Rektor. Hal itu sesuai Peraturan Rektor nomor 10 tahun 2019 tentang  Organisasi  dan Tata Kerja  Pascasarjana yang mengacu pada  Permenristekdikti nomor  28 tahun 2017  tentang Statuta Unsoed  dan  Permenristekdikti  no 23 tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unsoed perubahan atas Permenristekdikti  no 10 tahun2016. Pascasarjana yang awalnya bernama Program Pascasarjana,  y a n g secara  formal lahir   tahun  2001  dengan  SK  Rektor  nomor  100/J23/KP/2001  tentang  OTK  Program Pascasarjana  Unsoed.  Perubahan  nama memang diminta  oleh  kementerian  langsung karena Istilah program sudah digunakan untuk satuan kegiatan pembelajaran berdasarkan kurikulum.   Forum   komunikasi   Pascasarjana   PTN  se   Indonesia   pada   tahun  2015 mensepakati   perubahan  nama  ada  yang  menjadi   Sekolah Pascasarjana, Fakultas Pascasarjana dan Unsoed sesuai peraturan Menteri tentang statute dan OTK Unsoed tahun 2014, 2015 dan diperbarui Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi No. 28 Tahun 2017 Tentang Statuta Universitas Jenderal Soedirman  dan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan  Pendidikan Tinggi No. 23 Tahun 2017  tentang organisasi  dan tata kerja universitas Jenderal Soedirman bernama Pascasarjana.  Pada tahun 2024 berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi RI Nomor 28 tahun 2024 tentang Organisasi Tata Kerja Universitas Jenderal Soedirman  dan Peraturan Rektor Unsoed  Nomor 4 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja  nama Pascasarjana menjadi Program Pascasarjana.