Sesuai dengan Tri Darma Perguruan Tinggi, Universitas Jenderal Soedirman terus berusaha mengembangkan diri baik di bidang pendidikan pengajaran, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Hal ini antara lain dengan mendirikan program pascasarjana di berbagai disiplin ilmu.

 Dilandasi kenyataan bahwa infrastruktur dan suprastruktur yang ada telah memenuhi syarat untuk pendirian program pascasarjana; disamping itu juga melihat kenyataan di masyarakat bahwa tuntutan akan tersedianya program pascasarjana maka Universitas Jenderal Soedirman mendirikan Program Pascasarjana. Disamping itu, Program Pascasarjana didirikan untuk memberikan kesempatan kepada para sarjana lulusan S1 untuk memperdalam, menguasai dan mengembangkan ilmu sesuai dengan minat dan bidangnya agar dapat lebih meningkatkan kemampuan dan komitmennya dalam memecahkan permasalahan dan meningkatkan kesejahteraan masyarakat.

Pada saat ini Program Pascasarjana UNSOED mengelola sembilan belas Program Studi S2 (Magister) sebagai berikut:

1. Ilmu Lingkungan
2. Penyuluhan Pertanian
3. Bioteknologi Pertanian
4. Agribisnis
5. Manajemen (MM dan MSi)
6. Ilmu Administrasi
7. Ilmu Ekonomi
8. Agronomi
9. Ilmu Peterrnakan
10. Biologi
11. Ilmu Hukum
12. Akuntansi
13. Sosiologi
14. Industri Sumberdaya Hayati dan Kelautan
15. Ilmu Komunikasi
16. Sumberdaya Akuatik
17. Ilmu Pangan
18. Kenotariatan
19. Biomedis